Vůně moči zdravého a dobře hydratovaného subjektu je obvykle „sui generis“ a jako taková bez špatných vonných látek. Ve skutečnosti mluvíme o normálně aseptické tekutině, která obsahuje různé koncentrace odpadních látek v závislosti na dietě, zdravotním stavu a hydratace a příjem jakýchkoli léků.
Zápach v moči může být tedy známkou patologických stavů, ale ne nutně.
(které také mění barvu a posouvají ji směrem ke světle zelené), květák a česnek jsou obvykle doprovázeny páchnoucí močí.(protože rozpuštěné látky zodpovědné za nepříjemný zápach zvyšují jejich koncentraci; moč tak získává obzvláště tmavou barvu a charakteristické aroma čpavku);
Cystitida, močové infekce, pyelonefritida (infekce ledvin), uretritida, prostatitida a vaginitida (v tomto případě problém nemusí souviset s močovým traktem, vzhledem k anatomické blízkosti - více informací viz: vaginální zápach);
Selhání jater;
Diabetická ketoacidóza a ketonurie (také typické pro prodloužené hladovění, doprovázené hojnou močí nasládlého zápachu, podobného acetonu);
Rektovaginální píštěl;
Fenylketonurie (vzácné onemocnění přítomné od narození);
Užívání doplňků vitaminu B-6
Metabolické poruchy;
Onemocnění močí z javorového sirupu (vzácné);
Trimethylaminurie nebo syndrom rybího zápachu (vzácné);
Některé léky mohou také změnit zápach moči, včetně některých antibiotik, jako je amoxicilin, ampicilin, nitrofurantoin, ciprofloxacin, norfloxacin, ofloxacin a trimethoprim.
Příčiny špatného zápachu moči lze prozkoumat jednoduchou analýzou moči a kultivací (hledat jakékoli bakteriální infekce).