a způsoby šíření infekce se mohou lišit. Kolonizace zprostředkovaná patogeny může ve skutečnosti probíhat prostřednictvím:
- Vzestupná cesta z močového měchýře (nejčastější): z perinea (nebo z vaginálního vestibulu, v případě pacientek), mikroorganismy stoupají v močové trubici, pak v močovém měchýři až k ledvinám; hlavní příčiny infekce u žen spočívá v deformaci močové trubice při pohlavním styku, zatímco u mužů je často sekundární k prostatitidě. U katetrizovaných pacientů může ke kontaminaci dojít po umístění nebo manipulaci s katétrem, s následným možným vzestupem patogenů do močového měchýře .
- Krevní sestupná cesta: krevním řečištěm se v průběhu septikémie patogeny dostanou do ledvin způsobujících nefritidu a ledvinové abscesy.
- Klesající lymfatická cesta: síť lymfatických cév spojuje vzestupné tlusté střevo s pravou ledvinou a sestupné tlusté střevo s levou ledvinou.
Mikroorganismy zapojené do pyelonefritidy jsou obvykle stejné zodpovědné za infekce močových cest, genitálního a gastrointestinálního traktu, tedy v močovém měchýři, prostatě, děložním čípku, pochvě, močové trubici nebo konečníku: Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. atd.
Ve většině případů tyto patogeny představují bakterie fekální flóry, které vedou vzestupnou cestou, i když obecně peristaltika (pohyby kontrakcí a roztažení stěn močových cest) provádí „účinný ochranný účinek proti infekcím.
Příležitostně jsou hlášeny další neobvyklé mikroorganismy: mykobakterie, kvasinky a houby, stejně jako oportunní patogeny, jako je Corynebacterium urealyticum.