Patogeneze zkoumá vývoj onemocnění a řetězec událostí s ním spojených, které krok za krokem určují morfofunkční změny buněk a tkání patřících k postiženým orgánům. Tyto změny mohou být způsobeny chemickými, fyzikálními nebo biologickými činiteli (viry, bakterie atd.).
Zatímco etiologie definuje příčiny, patogeneze studuje důsledky.
Při čtení lékařských textů se proto můžeme setkat s pojmy jako: mikrobiální patogeneze, zánětlivá patogeneze, virová patogeneze, maligní patogeneze (tendence onemocnění, obvykle nádoru, se postupně zhoršovat, až se stane potenciálně smrtelným). Mnoho nemocí rozpoznává různé příčinné faktory (multifaktoriální etiologie) a ještě početnější jsou nemoci charakterizované různými evolučními mechanismy (mnohočetná patogeneze).
