PH stolice je normálně neutrální nebo mírně zásadité (6,8 - 7,5). Kyselejší stolice, fyziologická pouze u novorozenců, může indikovat střevní infekce (Escherichia coli, Rotavirus) nebo zažívací poruchy, jako je intolerance laktózy nebo tuku (steatorea v důsledku insuficience pankreatu nebo biliární stagnace).
PH stolice je ovlivněno stravovacími návyky subjektu; například diety nadměrně bohaté na maso a mléčné výrobky činí stolici zásaditější. Hnilobná střevní bakteriální flóra ve skutečnosti demoluje aminokyseliny, které unikly absorpci, a vytváří toxické a zapáchající aminy; v důsledku toho má pH stolice tendenci se zvyšovat v důsledku zvýšené produkce amoniaku. Není proto náhoda, že příliš zásadité fekální pH, doprovázené snížením mastných kyselin s krátkým řetězcem (viz butyrát), bylo spojeno se zvýšeným rizikem kolorektálního karcinomu.
Pokud má pH výkalů tendenci se zvyšovat v přítomnosti hnilobné dysbiózy, má tendenci se snižovat v přítomnosti kvasné dysbiózy, jejíž příčiny lze hledat v nadměrném požití sacharidů nebo ve špatné absorpci ( celiakie). I za přítomnosti „hojného příjmu lipidů, ve vegetariánské stravě a při dlouhodobém hladovění se pH stolice stává kyselým.
Aby nedocházelo ke zkreslování výsledků testů, nesmí být stolice kontaminována močí a musí být rychle chlazena, aby se zamezilo tomu, že močový amoniak a hnilobné bakterie zalkalizují pH ve stolici.